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肛肠疾病是临床常见病多发病，因人民生活水平提高、饮食结构以辛辣肥厚居多而致肛肠病人逐年增多。为更好地服务东部城区的广大群众，肛肠科门诊除在市人民医院三楼开设外，病区已整体搬迁至东部院区，开放床位20张。

肛肠科采用现代微创手术和中医中药相结合治疗痔、瘘、裂和肛周脓肿等常见病，积累了丰富的临床经验，缩短了患者住院时间和术后切口愈合时间，从根本上减轻了患者痛苦，改善了生活质量。对环状混合痔、高位复杂性肛瘘、复杂性肛周脓肿、顽固性便秘和直肠炎等疑难病的治疗上有新的突破,在全市范围内处于领先水平。同时不定期邀请南京市中医院和安徽省中医药大学附属医院肛肠专家教授来院会诊指导。截止到目前为止，已在东部院区成功开展400余例手术，惠及广大肛肠疾病患者。